Bellur Krishnamachar Sundararaja nació la noche del 14 de diciembre de 1918. Su madre enfermó durante una epidemia de influenza, lo que dañó su salud haciéndolo un niño de constitución débil y enfermiza. Fue el onceavo hijo en la familia y cuando tenía 5 años su padre los instaló en Bangalore. Para 1931 el jovencito Iyengar ya había sufrido de malaria y tifoidea generándole una insistente fiebre. Su frágil salud y la dificultad para asegurar los recursos financieros necesarios interfirieron con sus estudios.
En 1927 el reconocido profesor de yoga Shri T. Krishnamachar se había convertido en cuñado de Iyengar al casarse con su tercera hermana Namagiriamma. En 1934 Krishnamachar le pidió a Iyengar, de 15 años, que fuera a Mysore para acompañar a su hermana hasta que el volviera de una viaje a Mumbai. Más tarde, a su regreso, le pidió que se quedara en Mysore y viviera con ellos. Después de que los doctores sospecharan que Iyengar padecía tisis, intentó practicar yogasanas pero su cuerpo estaba rígido y dolorido. No fue hasta principios del verano de 1935 que Krishnamachar aceptó enseñarlo y se convirtió en su Gurú iniciándolo con el Gayatri Mantra.
Al principio no tenía mucho interés en aprender las asanas. Sus piernas y su espalda le dolían y practicaba de manera mecánica. A pesar de sus dificultades dio su primera demostración pública en el Ayuntamiento de Mysore. A poco de su presentación le solicitaron acudir al Yogashala de Krishnamachar para entrenar a sus estudiantes. Continuó asistiendo a su Gurú en demostraciones públicas, clases y charlas por todo Karnataka.
En 1937 fue requerido para ir a Puna, ya que era la única persona en el Yogashala que hablaba algo de inglés. Batallaba para tener suficientes estudiantes en las clases y no tenía recursos suficientes para sostenerse. Trabajó arduamente haciendo demostraciones en escuelas, clubes, conferencias y organizando clases, ganado poco a poco el respeto y el corazón de sus estudiantes e impresionando algunas autoridades políticas y de educación. A pesar de que tuvo que soportar varios años de dificultad para ganarse la vida, persistió y dedicó su energía y fe a su práctica, haciendo de las asanas sus oraciones. Iyengar aprendió ejecutando asanas y pranayama, explorando y perfeccionado su entendimiento, sin otra guía ya que su propia sensibilidad e intuición, y continuó haciéndolo hasta sus últimos días.